Rekombinacije gena

U profazi mejoze 1, homologi parovi se priljubljuju.
Tada dolazi do razmene delića unutrašnjih hromatida, koji se naziva krosing over. 
Tada geni sa majčinog hromozoma prelaze na očev i obratno, sa očevog na majčin hromozom.
Takođe, uspostavljaju se veze (mostovi, hijazme) između nesestrinskih hromatida, pri čemu se ostvaruju nove kombinacije između još većih grupa gena.
Na ovaj način, po pravilu, ne gube se niti se dodaju delovi hromozoma, nego dolazi do novih kombinacija (rekombinacija) gena, što doprinosi genetičkoj varijabilnosti.
Rekombinacije se duž pojedinih hromozoma dešavaju sa približno istom učestalošću.
Zato mogu poslužiti za:
 - određivanje mesta gena na hromozomu i 
 - za određivanje rastojanja između gena.
Ovo se zove mapiranje gena i hromozoma.
Ako je rastojanje između gena veće, aleli će se češće kombinovati i obratno.
Rastojanje između gena se izražava u procentima (%) ili u jedinicama krosing overa.
Npr. ako su na jednom homologom hromozomu dominantni aleli ABC, a na drugom recesivni abc, krosing over se može desiti:
 - između a i b regiona (Abc, aBC);
 - između b i c regiona (ABc, abC) i 
 - između ab i bc regiona (AbC, aBc).
Pošto se između alela a i c, dešavaju 2 krosing overa (ab i bc), zaključuje se da je rastojanje između alela A i C najveće.